蒲师文更怕的是手下那些海匪。只要他们明白此战毫无胜算之时，他们会哗变，会将其作为投名状。实际上，被流求海军俘获是最好的下场，大不了成为讨价还价的棋子。话说任谁都会在死伤惨重，又拿不到酬金的绝望之时，变得极为疯狂。这些无法无天的雇佣兵会将他乱刀砍死以泄愤，或者绑架之后乘乱逃走，关起来虐待并索要赎金。
在临走之前，蒲师文下了全力往西突围的命令。海匪们正在纳闷为何不前往眼前的澎湖之时，有眼尖的看见来船上的流求旗帜，这让海匪们一下慌了神。恐慌像疫病一样迅速传染。眼见澎湖来船已停成了一字纵列，侧舷纷纷对了过来，而后方追来的战船也开始排列战斗队形，更是让海匪们炸了锅，纷纷夺路而逃。
趁着混乱，蒲师文和手下的心腹乘着轻快小船，突出了包围圈，径直往大陆方向而去。流求舰队此刻正将目标放在海匪的大船上，不停的发射链球弹以让敌人无法逃跑。那些轻快小船价值低不说，目标小不容易击中，加之轻便灵活拦截不易。海面辽阔，蒲师文又混在乱窜的斗船之中，那里拦截得住？
“主帅无能，害死三军”，主帅的逃跑让海匪们更加无心恋战。短短一个时辰之后，剩下的二百多艘海匪船只便全被俘获。这些船只都是吨位大航速慢的运输船。这倒不是廖泥鳅专挑大个的船只，而是那些轻快小船要逃跑实在也是容易，至少逃出去了三四十艘。对于这些逃跑的船只，廖泥鳅也没有派兵追赶。一方面是实在追不上，另一方面是因为有更重要的事。
张宣率第一分舰队留下来打扫战场，然后将前往台南堡。廖泥鳅则则率主力舰队返回台中，逐一俘获那些被打断桅杆的海匪船只。如果不及时将之拖回港口，那些船只会随着洋流飘散，如果遇到风暴，不仅会有倾覆的危险，更会被刮离航线，最终不知所踪。那些船只和海匪现在已经不是敌人，而是流求公司的资产和免费劳力，自然不能被浪费。
澎湖水域四散而逃的海匪船只中，有一艘斗船慌不择路之下逃到了台南。孙胜夫闻知大吃一惊，将这艘斗船上的七名海匪全部斩杀，试图封锁蒲师文大败消息，只不过已经迟了。恐慌情绪已在海匪之中蔓延。孙胜夫无可奈何，只得一边放弃对台南堡的包围，将营垒往内陆移动，以避免即将而来的炮击。另一方面又派人前往台中向尤永贤通报信息。
尤永贤在夏大根阻击之下前进不得，中间又有台中堡阻隔，故其虽然通过小股探子得知双方船队在激战，后又离开台中海域，并不知道双方胜负情况，更不知在澎湖海域海匪船队的惨败。他还在翘首以盼蒲师文拿下台中堡之后，前来救援自己。虽然他手下的匪徒在人数上仍占据着绝对优势，但炎热、疫病和粮食不足，已让其部战斗力大减，再无力组织进攻。
流求海军大获全胜，实际上已经宣告流求战役接近了尾声。打败了蒲师文所率的海匪主力船队之后，流求舰队已经牢牢掌握了制海权，不仅对登陆上岛的海匪形成了关门打狗之势，更切断了他们的补给线。按照余柱的命令，廖泥鳅和张宣只需严密封锁海岸，李杆子和夏大根仍然坚守不出。岛上的海匪粮草断绝之时，便是流求军发动反攻之时。
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