消灭传染源、隔离病人、切断疾病传播途径这些措施，虽然并不能杜绝疫病的发生，却减缓了流行程度。加之探险队医熬制的中草药和科学精心的照料，将友善土著部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便没有这种好运了，死亡率往往在七成以上。特别是有些敌对土著部落，由于保留着食人的习俗，捕获分食了探险队的病弱者，直接吃进了病原体，死亡率在九成以上，甚至整个落部全部病亡，无一幸免。
在血祭现场见识过阿兹特克人的残忍，又目睹其庞大的武士的数量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船只，又下令增高堡墙，加深壕沟。眼下探险队员只剩下了三百余人，其中不少人是病号，有战斗力的只有两百余人。这两百人中，又有一半左右正在返回的船只上。守卫新蜀州的只有不足一百人，另有友善部落的数百名武士。这点人数，让朱清实在没有底气。
朱清决定固守新蜀州。除了等待流求后续探险队的到来外，他要借用时间打败阿兹特克人。在往返特诺奇提特兰城的过程中沿途袭击探险队的部落并不多，除了土著向导绕开了危险地段外，也因为大部分部落十分好奇这些外来者，只敢远远跟着。他还敏锐地发现，沿途的有些土著部落虽然窝棚数量极多，但活动人数却少。不少村落死气沉沉，显然也在流行疫病。朱清相信，阿兹特克帝国虽然强大，但疫病将会使逐渐虚弱。疫病流行的时间越久，其攻打新蜀州的可能性越低。
只不过事情并未如朱清所预判的那样发展。二个月后，上万人阿兹特克大军的仍然出现在了新蜀州城附近。事实上，由于分食了生病的探险队员，阿兹特克也发生了大规模的疫病，首都特诺奇提特兰城伏尸遍地，连城中的贵族也死了一半。对于此次疫病的流行，那些愚昧的祭司声称这是神发了怒，需要大量的鲜血来取悦神。只不守在屠杀上万附属部落的民众之后，疫病仍在肆虐。祭司们又声称，需要那些外来者的鲜血来浇灌大地，用其血肉来献祭神，才能平息疫病流行。
攻打新蜀州的军队虽然有上万人，但阿兹特克人只有一小半，还是一部分是其盟友特斯科科人和特拉科潘人，大部分则是其附庸部落。除了路途遥远之外，也是因为特诺奇提特兰城疫病流行，以贵族为主体的精锐美洲虎和雄鹰战士死伤惨重。后两者不仅装备了棉甲、木盾，还普遍配备了锋利的黑曜石刀斧，是阿兹特克军队的核心，也是其控制压榨附庸部族的主要战力。其附庸部族的战士，则往往是赤身裸体，所持不过是削尖的木棍、木棒和笨重的石制刀矛而已。
仗还没有开打，进攻新蜀州的阿兹特克大军便土崩瓦解了，原因仅仅是几声炮响。实际上，新蜀州的守军并不是炮击敌人，而是在进行试射。在土著大军看来，火光、雷声和烟雾显然是神才会有的法术，这些奇怪的外来者真是传说中的神使？疫病也真是神对拒绝归降者的惩罚？惶恐之下，美洲虎和雄鹰战士随即转身逃跑，附庸部落的士兵见状，也纷纷四散而逃。
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