仅是从安全的角度，欧阳轩并不同意动用主力舰队。最终说服他的，还是夏小根的一席话。夏小根认为，眼下霹雳军虽然兵强马壮，但毕竟根基尚浅。欧阳轩率主力舰队能展示武力，以强大威慑力“说服”持中立和轻微敌意立场的势力，以达到不战而屈人之兵。话说夏小根年龄虽小，但长年在欧阳轩身边工作，倒是耳濡以目学了不少东西。自此以后，众人更对他刮目相看。在从升龙城出发之前，欧阳轩又向各省都督通报了此事，并委托李爽会同唐顺、杨秀才等人合议重要事宜。
北巡的第一站是琼州岛。琼州岛比流求略小，官方登记人口不过五万余人，主要集中在以琼州城为中心的北部。未登记人口远超这个数，多在岛屿中部和南部。这两地方多是不服王化的土著部落，要么为蛮荒之地。霹雳军虽然在岛南部有军港和据点，但控制的面积极为有限，周边地域人烟稀少，十分荒凉。通过谈判拿到琼州岛后，流求都督府随即向琼州城派出了数百人的官员和技术队伍，另派了一个营作护卫。琼州城的官员见了文书，倒是十分爽快办理了移交手续。他们第二日便带着随从，急急坐船前往隔海相望的雷州。
霹雳军官员还没有站稳脚跟，城外便起了乱子。派人一打听，原来是闹起了饥荒。琼州岛与流求一样，光热资源极为丰富，插根筷子都能成活，居然闹起了饥荒？面对不断涌来的灾民，霹雳军官员只得将带来粮食赈灾，又派人到大陆买粮，这才堪堪应付过了危机。以往发生这种情况，官府往往紧闭城门，对灾民不管不顾。霹雳军虽然耗费了钱粮，却使得当地百姓好感大增。
之所以发生饥荒，除了今年气侯异常外，与之前官府治理有莫大关系。琼州乃流放之地，来此地当官之人都是罪官或党争失败之人。官场失意的他们，要么变本加厉地收刮钱财，要么整日吟诗饮酒，根本未将劝务农桑等治理之责放在心上，更未组织整修河渠水利设施。琼州的农业仍处于刀耕火种的状态，不要说与流求的规模农业相比，即便与大陆的农业相比，也是远远不如。一遇灾年，收获的粮食还不如种子多，完全没有风险抵御能力。
刚处理完饥荒，琼州城中又开始流行了疫病。流求在对付热带疫病方面，已经有了一整套经验，此行也带来了药品。经过一番防治手段，迅速阻止了疫病的传播，也只病死数十人。经过随行而来的医生详细调查，疫病主要是城中环境卫生恶劣，食物和饮水不洁造成的。随即霹雳军对全城进行了改造，开挖了新水井，疏浚了排水沟，修建了大量厕所，又将积存多年的垃圾清理出城，消除了蚊虫老鼠孽生的死角。一月之后，琼州城已是涣然一新。
所谓屋漏恰遇连夜雨，疫病刚结束不久，又有大群生番将琼州城团团围住。琼州岛上，汉人多居住在城中，熟番土著生活岛北部，而中部和南部则生活着数百个生番部落，人数不下十万之众。这些部落对外来者极为敌视，往往劫杀进入其地界的官员和商人，这又引起了官府的报复，双方的矛盾日积越深。不少熟番部落或因为官府的横征暴敛和强取豪夺，或畏于生番部落的威胁，往往充作他们的内应。此次生番便听说霹雳军带了大量财物上岛屿，便组队前来抢劫，准备干一票大的。
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